Dzieje Bazyliki Mniejszej

Projekt budowy kompleksu dla Zakonu Dominikanów w Sejnach przewidywał wybudowanie kościoła klasztornego. Zgodnie z tym projektem w 1610 roku rozpoczęto prace budowlane na wzgórzu leżącym między dworem a miastem. Kościół wzniesiono w ciągu 10 lat jako trójnawowy budynek orientowany, to znaczy prezbiterium przy wschodniej ścianie. Wewnątrz wsparty na 6 filarach, z 8 oknami, wyodrębnionym prezbiterium zamkniętym absydą. Wejście do kościoła znajdowało się od strony klasztoru.
Prace wykończeniowe i wyposażanie kościoła trwało jeszcze wiele lat, ale jesienią 1619 roku w uroczystej procesji przeniesiono figurę Matki Boskiej z drewnianego kościoła św. Jerzego do kościoła klasztornego. Odbyło się pierwsze nabożeństwo, figurę umieszczono we wnęce głównego ołtarza nad cyborium. Aktu konsekracji kościoła dokonał biskup Jerzy Tyszkiewicz sufragan wileński w 1632 roku. Oprócz ołtarza głównego, usytuowanego po wschodniej stronie kościoła, było jedenaście barokowych ołtarzy, rzeźbiony w drewnie chór i ambona. Taką ilość ołtarzy uzasadniały potrzeby konwentu, który liczył od 30 - 40 zakonników i kleryków. Od zewnątrz, kościół był zwieńczony dachem krytym czerwoną dachówką z jedną wieżyczką wyposażoną w krzyż i sygnaturkę.
W latach 60 - tych XVII wieku Stanisław Massalski, podkomorzy grodzieński, ufundował kaplicę przy południowej ścianie kościoła. Dominikanie spełnili warunek Massalskiego, który życzył sobie, by w krypcie pod kaplicą były pochowane doczesne szczątki jego rodziny. Prawdopodobnie kilka trumien umieszczono także w niszach ścian bocznych kaplicy.
Dobrodziejka kościoła sejneńskiego Róża z Platerów Strutyńska, starościna sejwejska i wiżajńska oraz jej córka Jadwiga, złożyły znaczną sumę pieniędzy na ręce przeora Ludwika Mostowicza. Z tych funduszy w roku 1764 rozpoczęto poważną rozbudowę kościoła wraz z jego przeorientowaniem.

Po wyburzeniu pierwotnej apsydy, wschodniej ściany kościoła, chóru zakonnego i zakrystii, wydłużono kościół o 2 okna z obu stron, dobudowano 4 filary. Od strony miasta wzniesiono dwu wieżową fasadę z głównym wejściem. Zachował się późnorenesansowy szczyt nad fasadą od strony klasztoru. Wieże, o wysokości 47 m każda, zwieńczono cebulastymi hełmami, charakterystycznymi dla baroku. Środkowa, dwukondygnacjowa fasada została ozdobiona stiukami wczesnorokokowymi. Nad drzwiami biegnie wygięty ku górze gzyms, nad którym są dwie tarcze z herbami fundatorów kościoła: z lewej "Paprzyca" - herb Grodzińskiego, po prawej "Ostoja" - herb Teresy ze Strutyńskich - Dulskiej Lubeckiej. Herby są otoczone ornamentami roślinnymi. Wyżej, symbole władzy papieskiej: skrzyżowane klucze i tiarę papieską oraz napis Basilica minor Anno Domini MCMLXXIII. W szczycie fasady widnieją jeszcze dwa herby, fundatorek przebudowy kościoła: z lewej: na tarczy herb "Sas" należący do Teresy ze Strutyńskich Druckiej - Lubeckiej, po prawej na tarczy herb "Tram", Róży z Platerów Strutyńskiej. Zdobienia rocaille`owo - roślinne otaczają tarcze herbowe, a nad nimi hełmy rycerskie z koronami.
Ten pełen dynamizmu charakter budowli w literaturze określa się jako tzw. barok wileński. Od strony klasztoru, a więc od strony dotychczasowego wejścia, dobudowano zakrystie i inne pomieszczenia pomocnicze, tworząc czwarte skrzydło klasztoru.
Wewnątrz kościoła przeorientowano ołtarze, prezbiterium z głównym ołtarzem usytuowano przy zachodniej ścianie nawy głównej. Boczne ołtarze także przemieszczono na przeciwległe ściany filarów. Dobudowano dwa dalsze ołtarze przy filarach, łącznie osiem. Wybudowano obszerny chór we wszystkich trzech nawach, z pięknym wystrojem. Kościół zyskał znacznie więcej przestrzeni, a całość z klasztorem stała się wspaniałym obiektem architektonicznym, w którym splatają się renesans, barok i rokoko.
Sejneński Konwent Dominikanów, który tworzył to piękne dzieło architekrury sakralnej, w 1804 roku został zmuszony do opuszczenia Sejn. W roku 1818 nad Sejnami i okolicą przeszła gwałtowna burza, która poczyniła wiele szkód. Ucierpiał także kościół, zerwany został dach i pokrycie wieź, a pęknięcia sklepień były tak znaczne, ze kościół zamknięto i oplombowano. Dzięki usilnym staraniom ówczesnego proboszcza ks. Augustyna Maciejewskiego, miejscowe władze pozwoliły otworzyć kościół na odpust Matki Bożej Różańcowej w październiku 1819 roku. Po uroczystościach ponownie kościół zamknięto.