Nowsze dzieje Sanktuarium

W roku 1925 na podstawie Konkordatu zawartego między Stolicą, Apostolską, a odrodzoną Polską, nastąpił nowy podział administracji kościelnej. Dekanat sejneński znalazł się w diecezji łomżyńskiej. Na mocy dekretu biskupa łomżyńskiego Romualda Jałbrzykowskiego. który wiele lat pracował w Sejnach, sprawując rożne funkcje, darzył kościół sejneński oraz figurę Matki Boskiej szczególną estymą.  W 1926 roku w Sejnach utworzono pierwszą kapitułę kolegiacką, a dotychczasowa katedra uzyskała tytuł kolegiaty.

W okresie II wojny światowej kolegiata nie uległa poważniejszym zniszczeniom na skutek działań wojennych, lecz ząb czasu mocno nadszarpnął jej substancję i wyposażenie.
W roku 1964 obowiązki proboszcza parafii objął ks. kan. Stanisław Rogowski, który podjął ogromny trud doprowadzenia Sanktuarium Matki Boskiej Sejneńskiej do dawnej świetności. W latach 1966 - 1974 wielu fachowców, m. in. fachowcy Pracowni Konserwacji Zabytków odrestaurowali wnętrze kolegiaty, w tym ołtarze, niektóre obrazy. Ufundowano nowe chorągwie, baldachim, 2 dzwony. Odnowiono elewacje kolegiaty, kule pod krzyżami na wieżach pokryto dukatowym złotem, na lewej wieży zainstalowano zegar z kurantami. Papież Paweł VI bullą z 3 lutego 1973 roku udzielił zezwolenia na koronacje figury.
7 września 1975 roku w czasie uroczystości, w których wziął udział Episkopat Polski, około 200 księży oraz niezliczone rzesze wiernych, figura Matki Boskiej Sejneńskiej została ukoronowana koronami papieskimi.

Kościół sejneński - dawna katedra, potem kolegiata, został podniesiony do godności Bazyliki Mniejszej pod wezwaniem Nawiedzenia Najświętszej Mam Panny.
Z kroniki pamiątkowej kościoła, pośród licznych wpisów i dedykacji, zarówno dostojników Kościoła, jak i osób świeckich, godzi się zacytować następujący wpis, dokonany przez Prymasa Polski Stefana Kardynała Wyszyńskiego:
"Matce Bożej Sejneńskiej, noszącej w sobie misterium zjednoczenia Dzieci Bożych z Ojcem, Synem i Duchem Świętym, oddaję w opiekę Polskę katolicką i całą jej przyszłość".

Jubileuszowe uroczystości

Dla uczczenia rocznicy 400 lat obecności w Sejnach figury Matki Bożej łaskami słynącej, 1 czerwca 2002 roku odbyła się uroczystość jubileuszowa. Poprzedziły ją: 31 maja Msza św. patronalna oraz nieustanne czuwanie przy figurze Matki Bożej, wystawionej przy ołtarzu celebry, do godzin porannych w sobotę 1 czerwca.
W uroczystej Mszy św., która odbyła się przy ołtarzu zbudowanym na tę okoliczność na placu św. Agaty, udział wzięli Kardynał Józef Glemp - Prymas Polski, Kardynał Audrys Jouzas Backis - arcybiskup Metropolita Wileński, 12 biskupów - z Polski, Litwy, Białorusi i Ukrainy oraz kilkudziesięciu księży.

Gospodarzem uroczystości był Ordynariusz Diecezji Ełckiej Biskup Edward Samsel, który witając zgromadzonych, powiedział m. in.: "W pierwszą sobotę miesiąca czerwca roku 2002, niech serce Twojego Syna, naszego zbawiciela ukształtowane pod Twoim niepokalanym sercem, będzie uwielbione za Twoim macierzyńskim orędownictwem. 400 lat jesteś z nami Dziewico Maryjo w tym znaku sejneńskiej statuy. Od 400 lat gromadzisz przy sobie lud Boży pielgrzymujący do Ciebie z tego pogranicza".
W homilii o kulcie Maryi Kardynał Józef Glemp, powiedział: "...Ludzie powinni chętnie słuchać Chrystusa, bo wtedy otrzymają ochronę Matki Bożej Sejneńskiej..."
Odczytano też list Ojca Świętego Jana Pawła II, skierowany do Biskupa Edwarda Samsela, w którym Papież wspominał uroczystość koronacji figury Matki Bożej Sejneńskiej z 7 września 1975 roku, w której był głównym celebransem.

11 września 2005 roku w sejneńskiej bazylice, obchodzono jubileusz 30 lecia koronacji cudownej figury Matki Bożej Sejneńskiej koronami papieskimi. Uroczystości zbiegły się z wizytacją duszpasterską Biskupa Pomocniczego Diecezji Ełckiej J. E. Biskupa Romualda Kamińskiego oraz odpustem i dożynkami parafialnymi. Uroczystej Mszy świętej przewodniczył bp Kamiński. Tradycyjnie otwartą figurę Matki Bożej wystawiono przy ołtarzu celebry. Tradycyjnie też po Mszy św. odpustowej wierni podchodzili do figury Matki Bożej i przez moment, patrzyli w oczy Naszej Matce Wspomożenia Wiernych i Przemożnej Orędowniczce.
Każdego dnia, o dowolnej porze - w kaplicy Matki Bożej, parafianie i liczni odwiedzający, klękają przed figurą Matki Boskiej łaskami słynącej, w żarliwej modlitwie przekazując Jej swe podziękowania i błagalne prośby o orędownictwo.

NIECODZIENNE WOTUM DLA MADONNY SEJNEŃSKIEJ

Ostatnio odkryliśmy znaczenie ozdobnej tabliczki umieszczonej we wnęce ołtarza, gdzie umieszczona jest Figura Matki Bożej Sejneńskiej. Tabliczka widoczna jest ponad koroną Matki Bożej. Jest to wotum dziękczynne z 1678 roku. Tu dostrzegamy, jak wcześnie Cudowna Figura zaczęła przyjmować dziękczynienie za łaski. Już w drugiej połowie XVII wieku rozsławia się kult Pani Sejneńskiej.
Treść napisu na tabliczce objaśnia to wotum:
"Z stołecznego miasta wileńskiego Arcybractwo Różańca św. Najświętszej Pannie Sejneńskiej, której przemożną przyczyną zachowań jest od powietrza morowego to wotum ofiarują."